南通大学档案馆成立于2004年9月，是由原南通医学院档案室、原南通工学院档案室、原南通师范学院档案室合并组成的校直属单位，南通大学校史馆（与档案馆合署）成立于2019年1月，正处级建制。范曾艺术馆成立于2007年11月，2021年8月挂靠档案馆（校史馆）。档案馆（与校史馆合署）在南通大学档案工作委员会、南通大学校史及年鉴编写工作领导小组领导下履行部门工作职责。

档案馆馆舍建筑面积3206.02平方米，其中，库房建筑面积1178.52平方米，设施齐全，安装了755立方米密集架、空调及相关设备；2012年5月校史馆、张謇教育史馆开馆，建筑面积1085.21平方米。

档案馆内设基础业务部、开发利用部和史馆部。基础业务部配置教学出版档案室、党政科技档案室、声像实物档案室、查档室、阅档室、消毒室、库房；开发利用部配置档案编研室、档案信息技术室。校史馆配置展厅、荣誉室、捐赠品陈列室等工作场所。范曾艺术馆分南通范氏诗文世家展、范曾先生艺术成就展、范曾先生书画作品陈列展三个展馆，设有南通范氏诗文世家研究所。档案馆（与校史馆合署）（范曾艺术馆挂靠）现有教职工14名，其中正高级职称1名，副高级职称4名，中级职称9名，博士学位2名，硕士学位10名。学校档案实行集中统一管理，建立健全了档案工作网络。

档案馆注重馆藏资源建设，内容丰富，门类齐全。截至2023年12月，现有纸质档案107954卷、34409件，录音磁带、影片档案303盘，照片档案37261张，实物档案2074件。全面记载了南通大学（含原南通医学院、原南通工学院、原南通师范学院）近百年来创立、发展、壮大的历程，涉及南通近现代高等教育、文化、医疗、科技产业、对外交流等方面内容，其中包括张謇手迹、周谦为老师与周总理合影等珍藏品。

档案馆保管南通大学、南通医学院、南通工学院、南通师范学院、南通教育学院5个档案全宗，含党群类、行政类、学生类、教学类、科研类、产品生产与科技开发类、基本建设类、仪器设备类、出版类、外事类、财会类等11个档案门类，另设声像、实物档案。

档案馆优化基础设施配置，借助现代先进技术，加快档案数字化建设进程。馆内配有门禁系统、计算机、复印机、零边距扫描仪、高速扫描仪、激光打印机、数码照相机等设备。2007年馆内引入“南大之星”档案管理软件，2009年开始实行档案信息化管理，2019年更换新档案管理系统，2021年启用档案远程利用系统和校史馆参观预约系统，围绕学校人才培养的中心工作、重点任务和社会需要，积极提供优质高效档案利用服务和校史馆、张謇教育史馆参观服务，充分发挥史馆对外宣传和文化育人作用。

2015年12月南通大学顺利通过江苏省档案工作三星级规范测评，被省档案局、省教育厅授予“江苏省高校档案工作先进集体”荣誉称号。2018年11月南通大学被省高校档案研究会授予“江苏省高校档案工作先进单位”荣誉称号。2022年10月档案馆获“江苏省高校档案馆先进集体”荣誉称号。

    档案馆将以学校“十四五”事业发展规划为依据，以服务学校教育教学、科研和管理改革为导向，以提高档案工作规范管理水平和档案人员业务素质为根本，以档案信息化建设和档案资源开发利用为重点，以完善档案管理制度和业务规范为前提，以归档整理、利用服务、档案编研、校史宣传为抓手，以提高服务满意度为宗旨，秉持“祈通中西、力求精进”的校训精神，牢固树立“人才培养是学校根本任务”、“质量是学校的生命线”、“教学是学校中心工作”的核心办学理念，牢固树立“热情、高效、和谐、奉献”的优质服务理念，坚持“五个一样”人性化服务承诺，即生人熟人一个样、来人来函一个样、上班时间下班时间一个样、难查易查一个样、线上线下一个样，以高质量的准备工作迎接江苏省机关团体企业事业单位档案工作检查，为建设特色鲜明的国内一流大学贡献力量。